烈嶼鄉衛生所成立於民國42年12月，後因人員及經費不足所限而撤銷，54年獲農復會補助興建現址(后井村37號)，於56年元月竣工，於是年5月始恢復成立，66年遷往四維坑道與烈嶼九宮醫院合併（因人力不足）76年歸建（搬回原址），83年由 行政院衛生署及縣府籌編補助經費，於現址拆建大樓，衛生所遷往西路借用鄉公所房舍辦公，84年竣工啟用，烈嶼衛生所搬回舊址，88年9月現址增建大樓為金門縣立醫院烈嶼分院，並於90年12月落成啟用，91年元月衛生所醫療交付金門縣立醫院辦理，本所辦理該鄉公共行政衛生業務，100年-103年租用西宅46號。104年烈嶼衛生所新建大樓完工，104年5月搬遷到現址西方6-5號。
本鄉位處於離島中的離島，青壯人口外流，居民以老人和小孩較多，人口結構呈現老化（103年12月底人口數11460人，地區65歲以上人口比率約佔總人口數13.2％）。鄉內醫療資源相對不足，早期泰仰賴軍方醫院與衛生所負責一般醫療業務，急重症、婦女生產等則需後送至大金門本島處理。有鑑於此，縣政府政策自九十一年起於衛生所現址設立縣立醫院烈嶼分院以加強日常醫療與夜間急診服務功能，衛生所則專職負責其他公共衛生、防疫、保健、衛生教育、居家護理、以及社區健康營造業務的推動。
針對鄉內社區民眾的特性，衛生所現階段的工作重點在於：中老年慢性疾病的防治，嬰幼兒預防接種、居家護理業務、婦女癌症防治、以及社區健康營造工作的推動。目前正在加強的是：精神衛生工作、整合性篩檢的後續追蹤、慢性病的衛生教育與社區志工訓練。未來準備努力的尚有：幼童口腔衛生保健、青少年衛生教育、外籍新娘衛生教育的加強與身心障礙民眾的特殊照護等等。期望與烈嶼分院負責的醫療業務相互配合，帶給本鄉居民一個完整的、全方位的健康照顧。