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烈嶼鄉衛生所成立於民國42年12月,後因人員及經費不足所限而撤銷,54年獲農復會補助興建現址(后井村37號),於56年元月竣工,於是年5月始恢復成立,66年遷往四維坑道與烈嶼九宮醫院合併(因人力不足)76年歸建(搬回原址),83年由 行政院衛生署及縣府籌編補助經費,於現址拆建大樓,衛生所遷往西路借用鄉公所房舍辦公,84年竣工啟用,烈嶼衛生所搬回舊址,88年9月現址增建大樓為金門縣立醫院烈嶼分院,並於90年12月落成啟用,91年元月衛生所醫療交付金門縣立醫院辦理,本所辦理該鄉公共行政衛生業務,100年-103年租用西宅46號。104年烈嶼衛生所新建大樓完工,104年5月搬遷到現址西方6-5號。